Empecemos: un disco duro es un soporte capaz de almacenar datos. Pero para ello, tiene que estar preparado. Todos los sistemas operativos, entienden en común una cosa: LAS PARTICIONES (luego veremos lo que son). Es lo único que es común para todos los sistemas operativos de PC. Posteriormente cada sistema operativo, puede tener un sistema de archivos totalmente diferente, por lo que una partición creada con un sistema operativo, puede no ser visible para otro. Incluso puede que ni le asigne letra de disco.
 
¿Que es una PARTICIÓN?, fácil, un pedazo del disco. Lo normal, es que solo exista una partición, con lo cual muchas veces no nos cuestionamos que pueda existir más de una.
 
Pero TODOS los discos, por definición, pueden tener hasta 4 particiones. Pueden ser de 1 a 4 primarias o hasta tres primaria y una secundaria (a veces llamada también EXTENDIDA). Un aspecto importante a tener en cuenta cuando se trata de particiones primarias es el hecho de que en todo momento solo una de las particiones está "activa". Cuando una partición primaria determinada está "activa", no se puede acceder a las demás particiones primarias en el mismo disco físico. Por consiguiente, el sistema operativo de una partición primaria no puede acceder a los datos de otra partición primaria en el mismo disco físico. En la partición secundaria (extendida), podemos crear luego, las llamadas unidades lógicas. Es decir podemos subdividirla en otras partes mas pequeñas y asignarles letra de disco). Supongamos un solo disco físico con 3 particiones primarias (la primera "activa"), y una partición extendida con otras 2 unidades lógicas.  
 
Nuestro disco, de cara al sistema operativo tendrá: la letra C: para la unidad primaria activa. Las letras D: y E: para las dos unidades lógicas dentro de la partición extendida. Y las otras dos particiones primarias SON IMPOSIBLES de ver por ningún sistema operativo.
 
La ultima frase, parece una incongruencia. ¿para que queremos 2 particiones que no nos valen para nada, si no podemos acceder a ellas.
 
Pero....., imaginemos un programilla listo, que nos cambia solo el indicador de "activa" en la partición. En ese momento, la partición primera la dejamos de ver. Y ahora vemos que la segunda que es la activa, pasa a ser la letra C:. (nos obliga a reiniciar la maquina).
 
Y para que sirve?. Pues para tener distintos sistemas operativos que no se vean entre sí, y con pequeño programita o utilidad cambiando de partición primaria activa, cambio completamente el entorno.
 
Todo lo del párrafo anterior, aunque es verdad, no se suele utilizar. Sobre todo porque las herramientas que nos da el MS-DOS (y el Windows) como es el FDISK, solo nos permiten una partición primaria por disco y por supuesto, también la partición secundaria con sus posibles unidades lógicas.
 
Pero lo mas importante, según lo anterior, y para fijar conceptos:  
 
Un disco duro tiene un sector único y fijo en el disco llamado Master Boot Record (MBR). Este sector, contiene un miniprograma y una tabla.
Cuando encendemos el ordenador, la BIOS, lo único que sabe hacer es buscar el disco duro el MBR, que sabe donde está por tener posición fija para todos los sistemas operativos, cargar un sector de 512 bytes en memoria en una posición fija (x'7C00') y ceder el control a dicho miniprograma.
La pequeña tabla que tiene el MBR, contiene datos de inicio, tamaño y posición de las 4 posibles particiones del disco duro, con información del, clase de partición, tipo de partición y si está activa o no. Mas adelante veremos para que sirve cada dato.
Existe un parámetro, no documentado del FDISK, el parámetro /MBR que si ejecutamos un FDISK /MBR, restaura este miniprograma (que muchas veces, es evidente que es la "golosina" de los virus). Y es la única manera de desinfectar un disco infectado con algún virus que afecte al MBR. El format NO LIMPIA este virus, ya que el FORMAT no entiende de MBR, solo entiende de SU partición y el MBR, está por encima de las particiones.
Posteriormente con FDISK, u otra utilidad similar de otro sistema operativo, procedemos a crear las particiones. FDISK solo nos dejará crear un primaria y si queda espacio o no le asignamos todo el espacio, una EXTENDIDA o secundaria.
En la extendida podremos crear una especie de sub-particiones, son las unidades lógicas.
Cada partición, tiene su propio registro de "boot", es decir otro miniprograma, que el el que carga el miniprograma del MBR. Pero este registro de BOOT de la partición, ya es mas "listo", es capaz de buscar y cargar ya el inicio del sistema operativo real de la partición.
Los sistemas operativos, al arrancar, asignan unas letras a las particiones. El orden de asignar estas letras es: primero y consecutivamente a todas las unidades primarias de TODOS los discos duros. Una vez que han finalizado las primarias, comienza por las secundarias, y allí va secuencialmente en cada secundaria para todas las unidades lógicas. Pongamos un ejemplo.
Dos discos duros:
 
El primero con una partición primaria (p1) y una secundaria con dos unidades lógicas (s11 y s12).
El segundo con una primaria (p2) y una secundaria con tres unidades lógicas (s21, s22 y s23).
 
Entonces los discos nos quedarán:
 
C: = p1
D: = p2
E: = s11
F: = s12
G: = s21
h: = s22
I: = s23